Srpsko stanovništvo koje je živjelo na teritoriju NDH već je neposredno nakon dolaska ustaša na vlast postalo žrtva različitih oblika diskriminacije i terora. Teror je započeo najprije kroz prijetnje i zastrašivanja putem medija i otvorenih poziva na linč u govorima visokopozicioniranih ustaških dužnosnika, nastavio se u svim većim gradovima hapšenjima uglednih članova srpske zajednice poput, primjerice, intelektualaca ili imućnijih pojedinaca, a završio se kao organizirano masovno ubijanje. Samo u prvih mjesec dana nakon proglašenja NDH počinjeno je više masovnih zločina nad Srbima: 27. aprila 1941. godine u Gudovcu kraj Bjelovara ubijeno 196 Srba, 9. maja te iste godine u Blagaju oko 400, 11. maja u Glini 260. Ovi su se zločini tada još pokušavali opravdati objašnjenjem da su ubijani potencijalni rušitelji režima i teroristi. No već 1. jula 1941. godine dogodio se i prvi masovni pokolj čije su žrtve većinom bili žene, djeca i starci – u okolici Donjeg Lapca, u selima Suvaja, Osredci i Bubanj ubijeno ih je gotovo 300. Paralelno s ovim događajima, započet je i organizirani transport Srba u logore.
U strahu za goli život, jedinu mogućnost za spas Srbi su vidjeli u formiranju zbjegova po šumama gdje bi se barem privremeno mogli skloniti i držati zajedno. Za većinu Srba, pogotovo onih koji su živjeli u seoskim sredinama, odlazak u šumu bio je jedina alternativa, čin koji su morali napraviti kako bi preživjeli. Praksa organiziranja zbjegova najprije je započela u Lici, a ubrzo se proširila i u drugim krajevima Hrvatske, te Bosne i Hercegovine. Kako su revolt i ogorčenje prema ustaškom režimu sve više rasli, određen broj pojedinaca u zbjegovima počinje se odlučivati za drastičan iskorak – uzimanje oružja u ruke. Budući da je po selima, nakon kapitulacije vojske Kraljevine Jugoslavije, sačuvano oružje, ne treba čuditi kako se već sredinom 1941. mjestimično, tada još međusobno nepovezano, počinju događati pojedinačni primjeri oružanog otpora ustaškim ophodnjama.
Prekretnicu za dalji razvoj događaja ipak predstavlja podizanje antifašističkog ustanka od stranke Komunističke partije Jugoslavije kao jedine dobro organizirane i mobilizirane skupine sposobne pokrenuti i provoditi oružani otpor. Komunisti su u veoma kratkom roku uspjeli međusobno povezati pojedince i manje grupe koje su mjestimice pružale otpor, kao i skupine bjegunaca od pokolja, te ih počeli pripremati i obučavati za ustanak. Prvi masovni i organizirani otpor ustaškoj vlasti tako je započeo krajem jula 1941. godine gotovo istodobno na Kordunu i Baniji, još jačim intenzitetom u Lici, a vjerojatno najjačim na području Bosanske krajine. Budući da ustaške represalije po srpskim selima nisu prestajale, broj ljudi koji su pristupali partizanskim odredima neprestano je rastao, a njihova snaga se iz dana u dan povećavala. Budući da im je bijeg u partizane praktički označavao bijeg od sigurne smrti, srpski krajevi u Hrvatskoj odmah su se profilirali kao najjača i najbrojnija uporišta partizanskog otpora. Ovo se većinom odnosi na ruralne krajeve gdje su oblici diskriminacije prema Srbima bili najraznovrsniji, a njihov život najugroženiji. Iako su u rukovodstvu komunističke partije Hrvatske, pa tako i u vodstvo ustanka uglavnom bili Hrvati, među sudionicima Narodnooslobodilačke vojske u startu su većinu činili Srbi, a stanje je ostalo ovakvim tokom čitave prve dvije godine rata. Budući da se velik broj Srba, osobito onih mlađih i borbenijih, paralelno s uključivanjem u NOV odlučivao učlaniti i u KPH, u početnoj fazi rata među članovima KPH puno je brže rastao broj Srba nego Hrvata. Ovdje treba tražiti razlog zašto su u desetljećima nakon rata na odgovorne položaje u vlastima tadašnje SR Hrvatske veoma često dolazili ljudi srpske nacionalnosti – većina prvoboraca bili su Srbi, a prvoborac je smatran provjerenim kadrom, dakako ne zbog svoje nacionalnosti, nego zbog ratnog puta. Ipak, ne smijemo zaboraviti i velik broj Srba koji nisu bili komunisti, ali su podupirali partizane. Riječ je uglavnom o članovima i simpatizerima predratne Samostalne demokratske stranke, te Saveza zemljoradnika, poput primjerice Vojislava Kecmanovića, Save Kosanovića i brojnih drugih.
Statistički podaci pokazuju da je krajem 1941. od oko sedam tisuća partizana s područja Hrvatske bilo približno 5.400 Srba, dakle njih 77 posto. Tokom te prve godine rata poginulo je 1.188 partizana od kojih Srbi ponovno predstavljaju veliku većinu – njih 927 odnosno 78 posto. Iz tog je razloga Vladimir Bakarić jednom prilikom, prisjećajući se prvog zasjedanja AVNOJ-a, izjavio: „Na prvom zasjedanju AVNOJ-a mi smo bili više predstavnici srpskog otpora u Hrvatskoj nego predstavnici NOP-a Hrvatske.“ Ovdje također valja napomenuti kako se ovi službeni podaci odnose isključivo na vojnike, a ne i na pripadnike pozadinskih jedinica, naoružanih seoskih straža, sanitetskih stožera, te drugih pomoćnih službi. Budući da su njihovi pripadnici u pravilu bili regrutirano lokalno stanovništvo iz partizanskih uporišta, realno je očekivati da su Srbi i ovdje predstavljali uvjerljivu većinu.
Udio Hrvata u Narodnooslobodilačkoj vojsci s vremenom je sve više rastao, no podaci govore kako su Srbi ostali većina sve do septembra 1943. godine. Tako je i u Bitki na Sutjesci u junu 1943. godine, po bilježenju Vladimira Dedijera, od 22 tisuće partizana bilo više od 11.800 Srba, dok je Hrvata kao druge najbrojnije etničke skupine bilo nešto više od pet tisuća. Tek nakon pada Italije, kada se otvorila mogućnost za provođenje mobilizacije u dotadašnjoj talijanskoj okupacijskoj zoni, kada se broj partizana općenito u samo desetak dana udvostručio, masovnim uključivanjem Dalmatinaca u NOB Hrvati prestižu Srbe po brojnosti u partizanskoj vojsci. U svom prvom intervjuu za Time, 1944. godine, maršal Tito izjavio je da među partizanima, ovaj put na području cijele Jugoslavije, ima 45 posto Srba i 30 posto Hrvata. Egzaktniji podaci s kraja rata pak govore da je na području SR Hrvatske među partizanima na kraju bilo 60 posto Hrvata i 28 posto Srba. Hrvati su na koncu bili većina u 50 od 54 partizanske brigade, dok su u preostalima (Šestoj ličkoj, Sedmoj banijskoj, Osmoj kordunaškoj i Dvanaestoj slavonskoj diviziji) većinu činili Srbi, i to s udjelom od minimalno 85 posto. Među palim borcima s područja SR Hrvatske, njih više od 60 tisuća, na kraju rata Hrvati su činili 52 posto, a Srbi 44 posto, dok je od članova KPH bilo 57 posto Hrvata i 33 posto Srba.
Iako su Srbi iz Hrvatske činili svega 4-5 posto ukupnog jugoslavenskog stanovništva, njihov udio u NOVJ na početku rata bio je između 20 i 25 posto čime su uspjeli kompenzirati relativno slab odaziv Srba iz Srbije ili Crne Gore, dok se čak i na kraju rata, usprkos općoj mobilizaciji u svim krajevima, njihov broj zadržao na oko 10 posto. Budući da su operativne jedinice s područja Hrvatske činile barem trećinu ukupnih snaga partizanske vojske, te predstavljale, uz eventualno onaj s područja okupiranog SSSR-a, najjači antifašistički pokret otpora u cijeloj Europi i po brojnosti i po organiziranosti, lako je zaključiti da je uloga hrvatskih Srba u partizanskoj borbi za konačno oslobođenje od okupatora bila nemjerljiva. Naravno, faktor koji je bio u još većoj mjeri presudan jest zajedništvo Hrvata i Srba unutar partizanskog pokreta. U doba kad se činilo da su ova dva naroda zavađena do te mjere da zločini iz međuetničke mržnje i osvetnički porivi nikad neće nestati, zajednički srpsko-hrvatski partizanski pokret uspio je sagraditi most između suprotstavljenih naroda i time na koncu pobijediti.
